Prinsip desinfeksi natrium hipoklorit terutama mencakup tiga aspek:
Asam hipoklorit terbentuk melalui hidrolisis, dan asam hipoklorit selanjutnya terurai untuk membentuk oksigen ekologis baru. Sifat pengoksidasi yang kuat dari oksigen ekologis baru mendenaturasi zat-zat seperti protein pada bakteri dan virus, sehingga membunuh mikroorganisme patogen.
Asam hipoklorit dapat menembus bakteri (virus) dan bereaksi dengan polimer organik seperti protein bakteri (virus), asam nukleat dan enzim, sehingga membunuh mikroorganisme patogen.
Ion klorida yang dihasilkan oleh asam hipoklorit dapat mengubah tekanan osmotik bakteri dan virus secara signifikan, menyebabkan sel-sel mereka kehilangan aktivitas dan mati.