Selain zat berbahaya, terdapat banyak sekali bakteri dan virus di limbah. Oleh karena itu, desinfeksi klorin banyak digunakan untuk membunuh bakteri dan virus di dalam air selama tahap limbah air keran dan instalasi pengolahan limbah.
Dalam pengolahan air pendingin sirkulasi industri, klorin juga digunakan untuk mensterilkan dan menghilangkan alga. Dalam proses sirkulasi air pendingin, karena adanya penguapan sebagian air, maka unsur hara dalam air menjadi pekat, bakteri dan mikroorganisme lainnya akan berkembang biak dalam jumlah banyak dan mudah membentuk kotoran lendir. Kotoran slime yang terlalu banyak akan menyebabkan penyumbatan pipa dan korosi.
Klorinasi biasanya melibatkan penyuntikan klorin ke dalam air untuk membunuh bakteri dan mikroorganisme lainnya, biasanya dalam botol klorin.
Untuk menjaga efek bakterisida, sisa klorin harus selalu dijaga pada {{0}}.5 ~ 1mg/L dalam air yang dibuang dan di ujung jaringan pasokan air pada 0 0,05 ~ 0,1mg/L.